Phía Dưới Gầm Giường xoay quanh nhân vật Naoto, một chàng trai ít nói và sống nội tâm.Trong những tháng ngày đi học, anh luôn bị bạn bè và mọi người phớt lờ, và chỉ có duy nhất nữ sinh Chihiro là người đầu tiên gọi tên Naoto. Từ đó, anh luôn ước mơ được gặp lại Chihiro và cố gắng tìm kiếm cô ấy. 11 năm sau, Naoto tìm được chỗ ở của Chihiro nhưng mọi thứ đã khác hoàn toàn. Vì vậy, anh quyết định lẻn vào nhà cô và chui dưới gầm giường để được bên cạnh Chihiro.